然而，SDS作为一种相对较新的技术，也有五大问题亟待解决。
一、应用
相比传统的手动方式，SDS允许客户通过软件、API管理存储数据，尽量少地依赖基础物理硬件，访问更灵活。而对于业务变更较为缓慢的企业来说，这项技术的红利并没有太大价值，例如政府、金融等相对静态的行业，SDS在性能、架构、稳定性、响应时间等方面还难以满足传统客户的需求。一些金融客户认为，SDS的响应时间较集中架构存储差，并不适合响应时间较高的场景。
二、性能
多核CPU的x86服务器、有效的多线程等性能因素，以及向外扩展的工作负载均在不同程度上限制着SDS的部署。首先，软件定义无法完全脱离于硬件实现，本质上对处理核心性能、数据传输速度等仍有要求。其次，多个存储节点很难汇聚为单个性能资源池以服务专门的工作负载。
三、采购
企业级采购通常是大批量或者长周期的购买，这部分IT预算不是小规模，从某种程度上来说难以实现价值最大化，这是HCI厂商不得不考虑的问题。这种采购方式与产品、技术的快速迭代相违背，所谓性价比无从谈起。对于数据中心的管理人员来说，他们并不情愿支付更换系统所带来的高额费用。
四、兼容
Ceph是存储虚拟化的典型产品之一，当然也是SDS的一部分。不过，Ceph在标准块接口、运维管理易用性、部件更替命令执行等方面仍有不足。此外，Ceph在SSD写带宽和CPU的性能消耗也受人诟病。由于RBD的I/O路径复杂，效率也会多少受影响，而后期维护也主要是海外开发者，难免照顾不周。
五、生态
SDS的推进离不开软件生态的支持，例如好的SDN环境，允许一致性的自动化编排。在这方面，SDS供应商需要做得更多。
综上所述，软件定义存储仍处于发展初期，需满足自助服务接口，用于分配和管理虚拟存储空间，以及自动化、扩展性、透明性等功能。IDC预计，到2020年将有44ZB的数据量，因此需要更高效、更节省成本的存储和管理方式。未来，SDX（软件定义一切）将成为趋势，而随着应用功能与服务的扩展，SDS要解决的问题还有很多。
